各地で2回戦があり、J1勢が登場。前回王者の神戸はJ3の高知を破って3回戦に進んだ。
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町田(J1)2―1京産大(京都)、青森(青森)2―0横浜マ(J1)、広島(J1)3―1Brew SAGA(佐賀)、徳島(J2)2―1山口(J2)、名古屋(J1)3―0ヴェロスクロノス都農(宮崎)、長崎(J2)2―1筑波大(茨城)、東京ヴ(J1)3―1栃木S(栃木)、鳥栖(J2)1―0愛媛(J2)、山形(J2)2―1鹿児島(鹿児島)、鹿島(J1)4―0群馬(群馬)、福岡(J1)2―0沖縄(沖縄)、湘南(J1)2―0岐阜(岐阜)、川崎(J1)4―3福島(福島)、清水(J1)4―2松本(長野)、京都(J1)1―0奈良(奈良)、富山(J2)1―0仙台(J2)、甲府(J2)2―1福井ユナイテッド(福井)、相模原(神奈川)2―1磐田(J2)、藤枝(J2)2―0バレイン下関(山口)、セ大阪(J1)5―0アルテリーヴォ和歌山(和歌山)、秋田(J2)2―1いわき(J2)、北九州(福岡)2―0岡山(J1)、神戸(J1)4―1高知(高知)、東洋大(シード)2―0柏(J1)、新潟(J1)1―0福山シティ(広島)、熊本(J2)1―1(PK5―4)千葉(J2)